Jedes Spiel bietet einen actiongeladenen Kampf, bei dem zwei Seiten gegeneinander antreten. Einer der Spieler übernimmt die Rolle des Bösewichts und kontrolliert die berüchtigtsten Kriminellen von Gotham City. Die verbleibenden Spieler übernehmen die Kontrolle über die Helden, die als Team zusammenarbeiten müssen, um die Pläne des Bösewichts zu vereiteln. Beide Seiten wechseln sich ab und stellen ihre Strategien gegeneinander aus, um ihre Ziele zu erreichen.
Jedes Spiel von Batman: Gotham City Chronicles wird nach einem Szenario gespielt, das die Handlung, den Ort, den Spielaufbau, die Anzahl der Runden und die spezifischen Ziele jeder Seite, um das Spiel zu gewinnen, detailliert beschreibt.
Das Spiel umfasst zwei Seiten: die Helden und den Bösewicht. Diese Dynamik wird durch zwei separate Kästchen für jede Seite dargestellt. Diese Trennung hat einen weiteren Zweck: Sie erleichtert den Spielaufbau. Die Heldenbox enthält ihre Miniaturen, Helden-Fledermaustabletts, Bildschirme, Karten ... alles, was die Helden zum Spielen eines Szenarios benötigen. Die Bösewicht-Box enthält ihre Miniaturen, Spielsteine, Würfel und alles, was zur Vorbereitung auf den Kampf benötigt wird.
Diese beiden Boxen bilden den Kern des Spiels und werden zum Spielen der Erweiterungen Wayne Manor, Arkham Asylum und Solo/Coop benötigt.