Deep State: New World Order ist ein dystopisches Spiel über Weltherrschaft und globale Verschwörungen. Das Spiel läuft über mehrere Runden und im Verlauf einer Runde beginnen die Spieler mit der Aktionsphase, an die sich die Übernahmephase anschließt. Diese beiden Phasen wiederholen sich und am Ende der Runde kommt die Vertragsphase.
Während der Aktionsphase führt jeder Spieler eine Aktion aus. Die wichtigste davon besteht darin, seine Agenten zu schicken, um politische, finanzielle und Forschungsinstitutionen zu infiltrieren, die durch Zielkarten in der Infiltrationszone dargestellt werden. Sie müssen um Zielkarten wetteifern, da andere Spieler mehr Agenten schicken können, um die Karte abzufangen, die sie benötigen. Spieler können auch zu World Domination-Projekten aufsteigen, darunter Comintern, Unified Nations, Spyware und Deep State selbst, was den Spielern greifbare Vorteile im Spiel verschafft. Möglicherweise entscheiden sie sich auch für die Durchführung verdeckter, hochwirksamer Operationen, bei denen Mitarbeiter geopfert werden müssen.
Während der Übernahmephase nehmen die Spieler ihre erbeuteten Karten und geben einige ihrer Agenten zurück.
Die Vertragsphase beginnt, wenn alle Zielkarten in der Infiltrationszone erobert wurden. Jeder Spieler kann dann einen einzigen Pakt schließen, der es ihm ermöglicht, sich mit mächtigen Organisationen zusammenzuschließen, von denen einige auf der ganzen Welt bekannt sind, während andere sich im Verborgenen verstecken.
Am Ende des Spiels berechnen die Spieler ihren Einfluss (Siegpunkte), den sie durch ihre Zielkarten, die Teilnahme an globalen Projekten und ihre Vertragskarten erzielen. Viele Karten interagieren miteinander und erzeugen so noch mehr Einfluss. Der Spieler mit dem größten Einfluss gewinnt das Spiel und wird Herr der Welt, die wir kennen.