In Underwater Cities, das pro Spieler etwa 30–45 Minuten dauert, repräsentieren die Spieler die mächtigsten Gehirne der Welt, Gehirne, die aus der Überbevölkerung der Erde hervorgegangen sind, um die bestmöglichen und lebenswertesten Unterwassergebiete zu schaffen.
Das Hauptprinzip des Spiels ist das Platzieren von Karten. Drei farbige Karten werden am Rand des Hauptbretts in ebenfalls farbige Kästchen von 3 x 5 gelegt. Im Idealfall können Spieler Karten in gleichfarbige Felder legen. Dann können sie sowohl Aktionen als auch Vorteile nutzen: die im Feld auf dem Hauptplan abgebildete Aktion und auch den Vorteil der Karte. Aktionen und Vorteile ermöglichen es den Spielern, Ressourcen zu absorbieren; Bau und Modernisierung von Stadtkuppeln, Tunneln und Produktionsgebäuden wie Bauernhöfen, Entsalzungsanlagen und Labors in ihrem persönlichen Unterwasserbereich; seinen Marker auf der Initiativeleiste bewegen (was für die Reihenfolge der Spieler in der nächsten Runde wichtig ist); um die „A-Karten“ des Spielers zu aktivieren; und um Karten zu sammeln, sowohl Spezial- als auch Basiskarten, die während des Spiels bessere Entscheidungsmöglichkeiten bieten.
Alle knapp 220 Karten – ob speziell oder einfach – sind je nach Art und Zeitpunkt der Nutzung in fünf Typen unterteilt. Unterwassergebiete sollen doppelseitig sein, was den Spielern viele Möglichkeiten bietet, SPs zu gewinnen und letztendlich zu gewinnen.